El hotel abrió las puertas en el año 2005. Su fundador es un austriaco que compro el terreno con la idea de crear un centro de convenciones, pero en la zona había carencia de centros de hospedaje, por lo que decidió crear el hotel. En el 2005 demolió la infraestructura antigua y se estableció el hotel Cristal Ballena. El nombre del hotel se debe a que de forma área desde donde esta el hotel se veía un cristal y por eso le pusieron así al hotel.